As flores das pimenteiras são delicadas, medindo geralmente 10mm de diãmetro, e cada variedade possuem características específicas, por exemplo, algumas são completamente brancas, outras brancas com seu interior suavemente verde e algumas até mesmo violeta.
Caso as plantas sejam cultivadas em locais ao ar livre, não é necessário preocupar-se com a polinização. Uma brisa, um inseto, encarrega-se disso tranqüilamente. Se sua pimenteira permanecer constatemente dentro de um local fechado, é necessário auxiliar a polinização utilizando um pincel muito suave, para espalhar o pólen pelo ar.
Ao plantar suas pimenteiras ao ar livre, diretamente no solo por exemplo, é importante estar atento e decidir antes de mais nada se você deseja produzir frutos 100% puros, sem cruzamento de fertilização. As pimenteiras fertilizam-se entre si muito facilmente, podendo atrapalhar seu objetivo. Portanto, caso queira cultivar mais de uma variedade numa mesma região, tenha a certeza de isolá-las uma das outras, para evitar isso.